小儿扁脸关节脱位足异常综合征危害较大，主要体现在以下方面：
- 外观及功能影响
- 面容异常：患者会出现面部扁平、前额突出、眼距增宽、鼻梁低平、表情呆板等特殊面容，这会对患儿的外貌美观造成影响，可能导致患儿在成长过程中面临心理压力，产生自卑、焦虑等不良情绪。
- 关节脱位：常出现先天性多发性大关节脱位，以肘关节、髋关节、膝关节为主，还可能有腕关节、肩关节等脱位。关节脱位会导致关节活动受限，影响患儿的运动功能，使患儿在行走、站立、坐卧等日常活动中存在困难，严重者可能丧失部分生活自理能力。
- 手足畸形：手指外形呈香肠型、短棒状；足呈马蹄内翻和外翻畸形。手足畸形不仅影响手部的精细动作和足部的正常行走功能，还会使患儿在选择鞋子等生活用品时面临困难，增加生活不便性。
- 其他健康问题
- 脊柱异常：常见颈椎分节异常，颈胸椎交接处在侧位片前凸畸形，还可能有脊柱裂、侧突和后突畸形。脊柱畸形可能影响患儿的身体平衡和姿势，随着年龄增长，可能压迫脊髓和神经，导致疼痛、肢体麻木、大小便失禁等问题，严重影响患儿的生活质量和身体健康。
- 先天性心脏病：部分患儿会并发主动脉根部扩张、主动脉瓣狭窄和闭锁不全、房室间隔缺损、动脉导管未闭等先天性心脏病。先天性心脏病会影响心脏的正常功能，导致患儿出现活动后呼吸困难、紫绀、晕厥等症状，严重者可能危及生命。
不过，部分患儿经早期诊断、及时治疗，一般预后较好，可以在一定程度上改善症状，降低危害。但如果延迟诊治或合并严重畸形者，预后较差。