婴幼儿胃食管反流的危害因人而异，大多数属于生理现象，危害较小，但少数病理性反流危害较大，具体如下：
较小危害
- 多数可自行缓解：生理性反流常见于新生儿和小婴儿，多在喂奶后发生，是由于其食管下括约肌发育不成熟等原因导致。多数患儿在半年至 1 年内可自行缓解，不会引起明显的病理损害。
较大危害
- 影响营养吸收：频繁呕吐导致营养摄入不足，反流物中的胃酸会破坏口腔和食管黏膜，影响营养物质吸收，可导致体重增长缓慢、营养不良，进而影响生长发育。
- 损伤食管：长期反复的胃食管反流可引起食管炎，食管镜检查可见黏膜充血、水肿、糜烂、溃疡、纤维组织增生，进而形成瘢痕，导致食管狭窄甚至短缩。反流性食管炎由于黏膜充血糜烂，可发生少量出血，长期可引起小儿不同程度的缺铁性贫血，少数严重病例还可能发生食管溃疡、较大量出血甚至穿孔。
- 引发呼吸道问题：部分患儿因吸入反流物，会反复出现呛咳、哮喘、支气管炎和吸入性肺炎等呼吸道感染症状，反流引起的哮喘无季节性，常有夜间发作，严重时甚至会影响呼吸功能。
- 导致睡眠和心理问题：反流引起的不适会导致婴儿睡眠不安稳、频繁哭闹，长期如此会影响婴儿神经系统的发育，也可能使婴儿出现烦躁、不安等心理行为问题。
如果婴幼儿出现频繁呕吐、体重不增、呼吸困难、反复呼吸道感染等症状，应及时就医，以明确是否存在病理性胃食管反流，并进行相应的治疗。