巴氏杀菌在食品中的应用十分广泛，以下是一些常见的例子：
- 牛奶和乳制品：巴氏杀菌是牛奶和乳制品生产中不可或缺的环节。通过巴氏杀菌处理，可以有效杀死牛奶中的细菌，如结核杆菌和沙门氏菌等，延长保质期，同时保持牛奶的营养成分和口感。目前市场上的消毒牛奶大多采用巴氏杀菌法进行处理。
- 果汁和蔬菜汁：果汁和蔬菜汁在生产过程中也需要进行杀菌处理以防止变质。巴氏杀菌法可以在不破坏果汁和蔬菜汁口感和营养价值的前提下，有效杀死其中的细菌和真菌，使产品在无需添加防腐剂的情况下保持长时间的稳定性。
- 罐头食品：罐头食品在加工过程中采用巴氏杀菌法，可以在不使用防腐剂的情况下延长保质期，减少运输损耗，保证其安全性和长期储存的稳定性。
- 酱油和调味品：酱油和调味品在生产过程中可能受到细菌污染。通过巴氏杀菌处理可以保证其安全性和稳定性，防止在长时间保存过程中腐败或变质。
- 蛋黄液：巴氏杀菌蛋黄液是以新鲜鸡蛋为原料，经过清洗、破壳、分离蛋白和蛋黄后，再经过巴氏杀菌处理制成的液态蛋制品。它在冷冻食品、酱料制作、烘焙行业均有着广泛的应用。例如在烘焙领域，可用于制作蛋糕、蛋挞、面包等甜点；在酱料生产中，可用于制作沙拉酱、蛋黄酱等调味酱；在冰淇淋等冷冻食品加工中，蛋黄液中的磷脂可作为天然乳化剂，提升冰淇淋的细腻度和口感。
- 啤酒和葡萄酒：巴氏灭菌法可以杀灭啤酒、葡萄酒等酒类液体中的病原体和有害微生物，解决酒类在储存过程中变酸变质的问题，同时又不会影响酒的口感和品质。