合作医疗二次报销通常可以在以下几个地方进行申请：

1. 医院的大病结算窗口：

   • 在住院时使用医保卡或新农合医疗证办理住院登记5。
   • 如果就诊医院实现全国联网，那么参保人出院时，可携带相关资料前往医院的大病结算窗口直接使用医保卡报销大病费用5。

2. 医保经办机构的结算部门：

   • 参保人出院以后，携带医保卡新农合医疗证、参保人身份证、医疗费用原始凭证、费用清单、就诊证明、病历本、出院小结等证明，前往当地医保机构申请报销大病医疗费用5。

3. 参保地卫生局新农合大厅：

   • 农村合作医疗二次报销去参保地卫生局新农合大厅4。
   • 提供相关材料进行报销6。

4. 市社保中心、镇农村合作医疗办公室或村委会：

   • 农村合作医疗的二次报销可前往市社保中心、镇农村合作医疗办公室或村委会办理11。

二次报销所需材料

1. 新农合补偿结算单4。
2. 居民身份证患者户籍原件、参合证（卡）原件4。
3. 医疗机构费用发票，或者加盖原件收存单位公章复印件4。
4. 费用清单、出院结算单或者盖原件收取单位公章的复印件4。
5. 持有特殊慢性病患者提供的慢性病证，或者二级以上医疗机构出具的特殊慢性病诊断证明以及门诊病历4。
6. 患者本人或者与患者有关系证明的关系人银行汇款账号4。

二次报销条件

1. 参加了当年的新农合6。
2. 当年新农合基金结余较多，地方上出台二次报效政策6。
3. 医疗费用达到起付标准，起付标准以上个人负担的合规医疗费用，一般分等级报销6。
4. 理论上必须是一次性医疗费用达到起付线，多次医疗不能合为一次6。
5. 部分特殊疾病患者可享受二次报销政策6。

请根据具体情况前往办理，详细了解报销政策和比例。如果需要针对性解答，可以直接向当地医保部门咨询。