农村医保在医院是否可以直接扣除费用，需根据具体情况和当地政策判断，主要分为以下情况：
一、直接结算的条件
-
定点医疗机构
仅限参保人所在地的定点医院或药店使用医保卡直接扣费。
-
医保目录内费用
仅报销医保目录内的药品、诊疗项目及设施标准费用，自费部分需个人承担。
-
异地就医备案
若在非参保地住院，需提前办理异地就医备案，出院时才能直接结算。
二、直接结算流程
-
住院时
办理住院手续时提交医保卡，医生处方用药、检查等费用按医保政策比例直接从医保基金扣除，个人仅支付自费部分。
-
出院时
总费用一次性结算，医保卡扣除应报销金额，押金多退少补。
三、特殊情况说明
-
转院就医
需在转出地医院开具转院证明，转入地医院认可后即可直接结算。
-
自费药品/项目
不在医保目录内的药品、诊疗项目需自费，医保卡无法直接支付。
-
门诊费用报销
-
村卫生室/镇卫生院 ：门诊费用直接结算，报销比例通常为60%-40%。
-
县级及以上医院 ：部分城市试点门诊报销，比例约30%，需保存病历、发票等材料。
-
四、注意事项
-
材料准备
住院时需携带身份证、医保卡、费用清单、诊断证明等材料。
-
政策差异
不同地区报销比例、年度限额等政策存在差异，建议提前咨询当地医保部门。
综上，农村医保在医院直接扣费需满足定点、目录内、备案等条件，具体操作流程和比例以参保地政策为准。