根据我国现行法律法规，入职三个月后发现怀孕的女性员工享有以下权益和保护措施：
一、法律保护原则
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禁止随意解除劳动合同
用人单位不得以怀孕为由单方面解除劳动合同。即使处于试用期，除非能证明员工存在《劳动合同法》第39条规定的严重违规行为（如不符合录用条件、严重失职等），否则不得辞退。 -
特殊劳动保护
怀孕期间可要求用人单位根据医疗证明调整工作岗位或减轻劳动强度，且不得降低工资待遇。
二、产假与生育待遇
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产假时间
生育后可享受98天产假（含产前15天），难产或多胞胎生育可额外增加15天/胎。怀孕未满4个月流产的享受15天产假，满4个月流产的享受42天产假。 -
生育津贴与医疗费用
- 已缴纳生育保险的，由社保基金支付生育津贴（按单位上年度平均工资计算）；
- 未缴纳的，由用人单位按产假前工资标准支付。
- 医疗费用由生育保险或用人单位承担。
三、违法辞退的赔偿标准
若用人单位违法解除劳动合同，需按经济补偿标准的2倍支付赔偿金。计算方式如下：
- 工作满1年支付1个月工资；
- 6个月~1年按1年计算；
- 不满6个月支付半个月工资。
四、应对建议
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主动沟通与证明能力
及时告知用人单位怀孕情况，并通过积极工作表现消除顾虑。需注意：隐瞒怀孕不构成欺诈，但可能影响信任关系。 -
保留证据
留存劳动合同、工资流水、医疗证明等材料，若发生纠纷可申请劳动仲裁。 -
拒绝不合理要求
若被要求主动辞职或签署不利协议，可明确拒绝并依法维权。
五、特殊注意事项
- 试用期保护：怀孕本身不构成试用期不合格的理由，但用人单位可基于工作能力不足且无法改善的证据解除合同。
- 岗位调整：若原岗位存在健康风险（如高强度劳动），可要求调岗且不得降薪。
综上，入职后发现怀孕的女性员工权益受法律严格保护，建议通过合法途径与用人单位协商解决，必要时可寻求劳动监察部门或律师协助。
