农村合作医疗在跨省三甲医院的报销比例因地区和具体政策的不同而有所差异，但总体来说，报销比例范围在40%至50%之间。以下是一些详细信息：

1. 1.报销比例：根据搜索材料，农村合作医疗在三甲医院的报销比例一般为20%至45%跨省报销的比例通常较低，一般在45%至55%之间
2. 2.报销流程：患者或其家属需要在入院后5日内，将住院通知传真至当地医保经办机构进行备案。患者需携带身份证、新农合医疗证及转诊备案手续前往跨省定点医疗机构就医。出院后，患者需携带相关报销材料（如住院发票原件、出院小结、处方复写件等）返回当地医保经办机构进行报销。
3. 3.报销范围和限制：报销范围包括药费、检查费、化验费、手术费、治疗费、护理费等符合医疗保险报销范围的部分。一些昂贵的特殊医疗需求，如到大城市三甲医院就医，报销比例可能更低
4. 4.其他注意事项：报销比例和流程可能因地区和具体政策的不同而有所变化，因此在跨省就医前，建议农民朋友提前了解相关政策。报销程序相对繁琐，需要经过多个环节，如报销申请、审批、报销等，这给农民带来了很大的不便

农村合作医疗在跨省三甲医院的报销比例大致在40%至50%之间，具体比例和流程需根据当地政策和规定来确定。建议在就医前详细咨询当地医保办公室或相关部门，以获取准确的信息。