职工二次报销通常在以下部门办理：
- 医院大病结算窗口：若就诊医院已实现全国联网，参保职工出院时可携带医保卡、身份证及医疗费用相关凭证，直接到医院大病结算窗口办理报销，报销金额将直接打入医保卡账户。
- 社保中心或医保经办机构：这是职工进行二次报销的重要途径。前往办理时，需携带患者的居民身份证、户籍原件、医保卡原件、医疗机构费用发票、费用清单等相关材料。将材料提交至所在地的社保中心或医保经办机构，经审核通过后，报销款项会支付至申请人指定账户。
- 商业保险公司：若职工购买了商业医疗保险，且保险合同中有关于二次报销的约定，可向所购买保险的商业保险公司提出申请。需准备医疗费用凭证、报销申请表格、保险合同、身份证等材料，按照保险公司的要求提交，审核通过后即可获得赔付款项。
部分地区的二次报销流程由医保经办机构和参保单位进行信息互联互通，无需职工本人申请，如北京市昌平区，由医保信息系统筛查统计出符合条件的参保职工信息，经单位核实相关情况后，医保经办机构计算报销金额并打入职工参保时绑定的个人银行账户。还有一些地区如丹东市，医保中心会通过医保信息系统批量处理二次补助费用，直接汇入符合条件参保人的社会保障卡内，无需参保人自行办理。