合作医疗（新农合）在某些情况下不能报销，主要原因包括：
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未在定点医疗机构就医 ：如果在非定点地区的医院就医，医疗费用无法报销。必须在定点医院就医，并且需要办理转诊手续才能享受报销。
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自购药品和自费药品 ：自行购买的药品以及公费医疗规定不能报销的药品和不符合计划生育的医疗费用不予报销。
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非疾病产生的费用 ：美容、镶牙、配镜、助听器、整容手术等费用，以及正常看病产生的交通费、住宿费、营养费、吃饭等费用均不能报销。
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非因自身原因产生的伤害 ：如交通事故、工伤、第三人侵权等造成的伤害，医疗费用由责任方承担，新农合不予报销。
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违法行为导致自身受伤 ：自残、自杀、服毒、打架斗殴、吸毒等违法行为导致自身受伤的，不予报销。
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报销手续不全 ：缺少病历、诊断证明、费用清单、发票等必要的报销材料会影响报销。
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超出报销时限 ：部分地区对报销时间有规定，超过时限可能影响报销。
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参保信息有误 ：姓名、身份证号等信息错误，会导致报销受阻。
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未在指定医疗机构进行治疗 ：如果是在没有和医保进行合作的医疗机构或私人诊所治疗，即便缴纳了医保也是无法使用的。
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报销比例和限额 ：新农合有起付线和封顶线，对药品目录和诊疗项目也有限制，一些新药、进口药或高端诊疗技术可能不在报销范围内。
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就医选择受限 ：在一些高端医疗机构或者跨地区就医时，报销流程可能较为复杂，并且报销比例可能会降低。
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报销流程繁琐 ：需要提供较多的材料和证明，经过多个环节审核，花费较多时间和精力来处理报销事宜。
建议在就医前了解清楚当地的合作医疗政策和规定，确保在定点医疗机构就医，并妥善保管好所有相关的医疗单据和证明材料，以便顺利报销。