在学校缴纳医保中断两年会有以下影响：
一、医疗保障待遇丧失
- 无法享受基本医疗保险报销
根据医保规定，连续中断缴费6个月（含）以上，将停止享受基本医疗保险待遇，需连续缴费满6个月才能恢复。因此，断缴两年属于中断时间过长的情形，期间所有符合医保目录的医疗费用需自费。
- 门诊待遇中断
包括普通门诊、大病门诊等，均无法通过医保报销。
二、累计缴费年限重置
- 中断期间不计入连续缴费年限
若断缴超过3个月，中断期间的缴费年限将清零，需重新累计缴费。例如，某人60岁退休，原计划缴费25年，断缴2年后补缴，需再缴费满25年才能达到退休条件。
- 补缴后待遇恢复
补缴后连续缴费满6个月，可恢复医保待遇，但缴费基数按补缴时当地上年度职工平均工资计算，且补缴期间无法享受统筹基金报销。
三、其他注意事项
- 灵活就业医保
若断缴期间未就业，可参加灵活就业人员医保，但需按月缴费。
- 医疗费用自费风险
断缴期间生病可能面临高额自费，尤其是重大疾病或慢性病，建议尽量保持医保参保状态。
- 大学生医保特殊政策
在校大学生医保断缴仅影响当年度医疗费用报销，可继续续缴，未缴费年份不计入缴费年限。
总结
医保断缴两年会导致医疗保障中断、累计年限清零，并可能影响退休后的待遇。建议尽量保持连续参保，避免因断缴影响健康保障。若已断缴，应尽快补缴或选择其他医疗保障方式。