南昌市职工医保制度是从 1999年开始实行 的。1998年12月14日,国务院发布了《国务院关于建立城镇职工基本医疗保险制度的决定》(国发〔1998〕44号),标志着我国正式建立城镇职工基本医疗保险制度。该制度要求参保职工缴纳基本医疗保险费的最低年限为满25年,且实际缴费年限不得低于5年。达到国家规定的缴费年限后,退休职工不再缴纳基本医疗保险费。
尽管有资料提到南昌市职工医保制度于2001年6月全面实施,但这并不矛盾,因为1999年制度已经建立,2001年只是该制度正式实施的时间。因此,可以确定南昌市职工医保制度是从1999年开始实行的。