合作医疗在不同医院的报销比例通常不一样，主要根据医院的级别来确定。一般来说，医院级别越高，报销比例相对越低。以下是具体介绍：
不同级别医院的报销比例差异
一级医院 ：通常是基层医疗机构，如乡镇卫生院、社区卫生服务中心等，报销比例相对较高。例如，2025年新农合政策中，一级医疗机构住院报销比例可达90%左右。
二级医院 ：一般是县级或市级的综合医院或专科医院，报销比例次之。如2025年新农合政策规定，二级医疗机构住院报销比例可达80%左右。
三级医院 ：多为市级以上的大医院，包括省级、国家级的综合医院和专科医院，报销比例相对较低。例如，2025年新农合政策中，三级医疗机构住院报销比例可达60%左右。
不同地区医院的报销比例差异
不同地区的经济发展水平、医疗资源分布等情况不同，也会导致合作医疗在不同地区医院的报销比例有所差异。例如，一些经济发达地区，医疗资源丰富，报销比例可能会相对高一些；而一些经济欠发达地区，医疗资源相对紧张，报销比例可能会相对低一些。
不同性质医院的报销比例差异
定点医疗机构 ：合作医疗参保人员在定点医疗机构就医，可以享受正常的报销政策，且通常能够实现即时结算，方便快捷。
非定点医疗机构 ：如果在非定点医疗机构就医，可能无法享受合作医疗的报销待遇，或者需要自行垫付医疗费用后，再携带相关资料到当地合作医疗管理部门进行手工报销，且报销比例可能会低于定点医疗机构。
异地就医医院的报销比例差异
已办理异地就医备案 ：如果参保人员在异地就医前已办理了异地就医备案手续，在异地的定点医疗机构就医时，可以按照当地的报销政策进行结算，报销比例通常与参保地同级别医院相近。
未办理异地就医备案 ：未办理异地就医备案手续的参保人员在异地就医，可能会面临报销比例降低、报销流程复杂等问题。