合作医疗在医院打针是可以报销的，但具体的报销情况会因地区、医院级别以及就诊类型等因素而有所不同。以下是合作医疗报销的一些具体情况：
门诊报销
村卫生室及村中心卫生室：就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。
镇卫生院：就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。
二级医院：就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
三级医院：就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。
住院报销
药费：辅助检查如心脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等各项检查费限额200元；手术费参照法定标准，超过1000元的按1000元报销。
60周岁以上老人：在镇卫生院住院，治疗费和护理费每天补偿10元，限额200元。
特殊病种报销
大病补偿：凡参加农村合作医疗保险的住院病人一次性或全年累计应报医疗费超过5000元以上分段补偿，即5001-10000元补偿65%，10001-18000元补偿70%。
特殊病种：包括恶性肿瘤化疗、放疗；重症尿毒症的血透和腹透；组织或器官移植后的抗排异反应治疗等，具体报销比例和限额以当地政策为准。
注意事项
定点医疗机构：参保人员需在定点医疗机构就诊，非定点医疗机构的门诊医疗费用一般不予报销。
医保目录：医保报销范围内的药品、诊疗项目和医用耗材等才能报销，医保目录以外的内容不予报销。
特殊情况：如因第三方责任导致的伤害、出国或在港、澳、台地区期间发生的医疗费用等，不予报销。
合作医疗在医院打针是可以报销的，但需符合相关条件和规定。具体报销比例和限额等细节，建议咨询当地的医保部门或所在医院的医保科，以获取最准确的信息。