在牙齿根管治疗的过程中是没有任何的疼痛的。但是治疗结束之后，也就是说根管预备或根管充填之后，有时候根据个体的差异不同，也就是抵抗力不同或者对痛觉的感受性不同。在治疗过程中有时候，治疗的刺激或冲洗的药物，可能对根尖区的牙周膜有一定的刺激因素。术后的当天或者是术后的一周之内，有可能有轻微的疼痛，但是这些疼痛都可以通过消炎药进行有效的控制。
因为现在要求的都是舒适化的口腔治疗方案，也就是在患者没有任何不舒服的情况下，进行所有的口腔治疗，其中包括根管治疗。根管治疗一般是在局部麻醉非常确定的情况下，把牙齿表面的龋坏组织先去除，也就是导致牙髓感染的细菌因素完全去除掉，然后再把牙髓腔外方的牙体硬组织去除掉，称为开髓，然后紧接着把牙神经所在的位置的神经去除掉，包括已经感染的牙神经完全去除掉。只要牙神经被去除掉之后，就完全可以缓解晚上疼的睡不着觉的这种情况。牙神经去除掉以后，牙神经所在的空腔也要完全的清理干净，用人工的材料进行回填。这样口腔内的有菌环境，或者是一些细菌的代谢产物，就不会通过牙齿表面进入根管系统，从而影响根尖的牙槽骨的组织。
