扬州地区治疗真菌性角膜炎的医院排名如下：

1. 江苏省苏北人民医院

江苏省苏北人民医院是扬州地区最具权威的三级甲等医院之一，眼科实力雄厚，尤其在真菌性角膜炎的诊治方面经验丰富，拥有先进的医疗设备和专业的眼科团队。

2. 扬州市第一人民医院

扬州市第一人民医院是扬州地区的综合性医院，眼科诊疗水平较高，擅长真菌性角膜炎的诊断和治疗，医生团队经验丰富。

3. 扬州市中医院

扬州市中医院作为一家综合性中医院，在中医结合治疗眼科疾病方面有独特优势，尤其适合希望通过中西医结合治疗真菌性角膜炎的患者。

4. 武警江苏总队医院

武警江苏总队医院的眼科以治疗复杂眼科疾病闻名，在真菌性角膜炎的诊疗上积累了较多经验，患者评价较高。

5. 扬州市江都中医院

扬州市江都中医院在眼科疾病的诊治上具有较强实力，尤其在中医治疗方面表现突出，适合对中医治疗感兴趣的患者。

6. 江苏省扬州大学附属医院

扬州大学附属医院作为扬州大学医学院的附属医院，眼科团队在真菌性角膜炎的诊断和治疗上具备较高的专业水平，设备先进，服务优质。

以上医院均为扬州地区治疗真菌性角膜炎的佼佼者，患者可根据自身需求和医院的专长选择合适的医院就诊。如需进一步了解或预约，建议提前咨询医院的眼科部门。