江苏南通治疗基质性角膜炎的医院中，南通大学附属医院和南通市第三人民医院是较好的选择。南通大学附属医院在眼科领域经验丰富，擅长角膜炎等疾病的诊治，而南通市第三人民医院则拥有专业的感染病及综合医学门诊部，专注角膜炎的治疗，并配备多名高级职称医师。

1. 南通大学附属医院

• 专业优势：作为南通市综合性三甲医院，该院眼科专注于角膜炎、青光眼、白内障等眼部疾病的治疗，拥有3260的评分，体现了较高的患者认可度。
• 医生团队：医院汇聚了多名眼科专家，尤其对眼外伤和难治性青光眼的治疗有深入研究。
• 设备与技术：依托先进的医疗设备，能够提供全面的角膜炎诊断与治疗服务。

2. 南通市第三人民医院

• 专业专注：医院设有感染病及综合医学门诊部，专注于角膜炎的诊疗，尤其在疑难病例上积累了丰富经验。
• 医师资源：拥有300余名高级职称医师和30余名硕士生导师，为患者提供权威的诊疗支持。
• 综合服务：门诊服务覆盖广泛，患者可通过图文问诊、电话问诊等方式预约挂号，方便快捷。

总结

南通大学附属医院和南通市第三人民医院在治疗基质性角膜炎方面各有优势。如果您注重综合实力和眼科整体水平，可以选择南通大学附属医院；而如果更倾向于专注角膜炎的诊疗服务，南通市第三人民医院是不错的选择。无论选择哪家医院，都建议提前预约挂号，以便获得更好的就诊体验。