过敏性肉芽肿性血管炎相关巩膜炎是一种罕见的疾病，主要影响眼部的巩膜，并且与肉芽肿性血管炎相关，这是一种自身免疫性疾病，会导致血管壁的炎症和肉芽肿形成。在南京，有多家三级医院在治疗这类疾病方面具有较高的声誉和专业水平。以下是一些在治疗过敏性肉芽肿性血管炎相关巩膜炎方面排名靠前的南京医院：

江苏省人民医院

• 特色：江苏省人民医院是江苏省综合实力强的三级甲等综合性医院，拥有国家重点学科1个(心血管病学);国家临床重点专科建设单位18个;省临床医学研究中心5个;江苏高校优势学科1个;省重点学科2个;省“国家重点学科”培育建设点1个;医学重点学科(实验室)16个。

南京鼓楼医院

• 特色：南京鼓楼医院是集医教研为一体的大型综合性三级甲等医院，拥有国家重点学科、国家临床重点专科9个,省临床医学中心4个、省医学重点学科8个、省级临床重点专科29个,省级质控中心5个,省专科、专病诊疗中心8个、市重点专科30个,博士点23个,硕士点32个。

东南大学附属中大医院

• 特色：东南大学附属中大医院始建于1935年,其前身为中央大学医学院附设医院,医院拥有国家临床重点专科重症医学科、医学影像学;江苏省优势学科医学技术学;江苏省重点学科:临床医学;江苏省临床重点专科介入放射科、普通外科、心血管内科、骨科、血液内科、急诊医学科、消化内科、肾脏内科、神经内科、内分泌科、麻醉科、肿瘤科、重症医学科、整形外科、病理科、儿科、妇产科、医学影像科、泌尿外科、呼吸内科。

请注意，以上信息仅供参考，具体的医院排名可能会因时间、评价标准等因素有所变化。建议您在选择医院时，结合自己的就诊需求和健康状况，同时可以咨询专业的医疗人员或医院，以获取更准确的信息。