吉林长春治疗慢性进行性眼外肌麻痹的医院中，长春市中医院和吉林省吉林中西医结合医院表现较为突出。以下是推荐理由：

1. 长春市中医院

• 科室实力：眼科是长春市中医院的重点科室，拥有主任医师2名、主治医师2名，其中硕士2名，具备扎实的专业基础和丰富的临床经验。
• 治疗方法：该科室在中医传统治疗基础上，创新采用中药熏蒸、中药外敷、中药导入、穴位注射、脉冲穴位治疗及低频超声波等方法，针对眼肌麻痹等眼科疑难杂症疗效显著。
• 科研成就：曾获长春市科技进步二等奖和三等奖，并承担多项省级科研项目，科研成果丰硕。
• 荣誉资质：被评为长春市首批中医特色门诊，是中华中医药学会中医眼科协同创新共同体成员单位。

2. 吉林省吉林中西医结合医院

• 科室特色：针灸科是该院的特色科室，采用中西医结合方法治疗神经系统疾病，包括眼肌麻痹。科室设有中医综合治疗室，配备多种先进设备。
• 治疗方法：综合运用盘龙针刺法、醒脑开窍针刺法、靳三针疗法、火针疗法、刺络放血疗法等，针对眼肌麻痹患者提供全方位诊疗服务。
• 科研与荣誉：针灸科被命名为吉林省中医药管理局盘龙针刺法重点研究室，整体诊疗能力在吉林地区处于领先地位。

总结

长春市中医院和吉林省吉林中西医结合医院在治疗慢性进行性眼外肌麻痹方面各有优势，长春市中医院注重中西医结合治疗，科研成果显著；吉林省吉林中西医结合医院则以针灸疗法为特色，疗效显著。建议根据个人情况选择合适的医院进行诊治。