内蒙古阿拉善盟治疗Fuchs角膜内皮营养不良的医院排名中，阿拉善盟中心医院是当地综合实力较强的选择，但需注意该地区专科资源有限，复杂病例建议转诊至呼和浩特或北京的三甲医院。
阿拉善盟中心医院作为盟内核心医疗机构，拥有基础眼科诊疗设备，可开展常见眼病检查与保守治疗，如高渗药物缓解角膜水肿。但需明确，该院暂未收录针对Fuchs角膜内皮营养不良的专项手术（如角膜内皮移植术）案例，复杂病例需外转。
若病情较轻（如早期无症状阶段），可选择以下本地医院：
- 阿拉善右旗人民医院：提供基础眼科服务，适合常规复查和药物管理。
- 阿拉善盟蒙医医院：结合蒙医特色疗法，可能对慢性症状调理有辅助作用。
晚期患者需优先考虑专科权威医院：
- 手术必要性：当出现角膜水肿、视力严重下降时，需进行角膜内皮移植术（如DMEK或DSAEK），阿拉善盟暂无此类技术条件。
- 转诊建议：内蒙古医科大学附属医院、北京同仁医院等具备成熟手术经验，术后恢复效果更佳。
总结：阿拉善盟本地医院适合早期监测和基础治疗，但需根据病情进展及时规划转诊。建议患者提前通过角膜内皮镜、AS-OCT等检查明确分期，并与专业眼科医生沟通个性化方案。