内蒙古地区在治疗基质性角膜炎方面具有较高水平的医院主要集中在呼和浩特市、呼伦贝尔市等地。以下是综合多个权威来源的医院推荐及排名（仅供参考）：
一、呼和浩特市重点医院推荐
-
呼和浩特市蒙医中医医院
- 作为蒙医、中医为主综合性医院，设备齐全且经验丰富，尤其在蒙医治疗领域具有优势。
-
内蒙古民族大学附属医院
- 蒙医内科为自治区重点学科，蒙医疑难病科为国家级名老中（蒙）医学术经验传承基地，神经外科、内科等多学科协同发展。
-
呼和浩特市妇幼保健院
- 二级乙等妇幼保健院，具备B超、生化分析等设备，擅长母婴健康与眼病诊疗。
-
呼和浩特市第二医院
- 三级甲等综合医院，神经外科、重症医学等学科突出，诊疗设施先进。
二、其他地区推荐医院
-
呼伦贝尔市中蒙医院 （原呼和浩特市中蒙医院）
1962年成立的老牌医院，蒙医、中医结合诊疗经验丰富，占地130亩。
-
呼伦贝尔市第二人民医院
三级乙等医院，结核病防治专业突出，医疗团队经验丰富。
-
阿拉善盟蒙医医院
二级乙等综合医院，蒙医特色鲜明，服务于阿拉善盟及周边地区。
三、选择建议
-
优先考虑本地医院 ：如呼和浩特市蒙医中医医院、内蒙古民族大学附属医院等，诊疗资源更便捷。
-
结合病情选择 ：若需蒙医治疗，优先考虑蒙医特色科室；若涉及其他系统疾病，可结合综合医院优势。
-
参考最新评估 ：部分医院科室可能随时间发展调整，建议通过医院官网或卫健委平台查询最新信息。
注：以上排名综合医院规模、学科建设及本地医疗资源，具体诊疗请以患者实际情况和医生建议为准。