内蒙古在治疗眼外肌病及弱视方面，以下医院具有较高综合实力和权威性推荐：
一、综合实力领先的医院
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内蒙古医科大学附属医院
- 三级甲等专科医院，骨科细分领域全国领先，包含眼外肌病及弱视相关诊疗项目，设备先进且经验丰富。
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通辽市医院（原哲盟医院）
- 三级甲等综合医院，设有51个临床科室，消化内科、新生儿科为自治区级重点学科，普外科、心内科等22个学科为市重点学科，具备全面诊疗能力。
二、专科医院推荐
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包头市中心医院
- 三级甲等综合医院，拥有国家临床重点专科1个，内蒙古自治区医学领先/重点学科5个，眼科及骨科实力突出。
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内蒙古林业总医院
- 三级甲等综合医院，肿瘤（消化系统）多学科诊疗试点单位，具备全面的医疗和科研能力，可提供综合治疗方案。
三、其他相关医院
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呼和浩特新视界眼科医院 ：专注于眼科领域，地址便利，适合常规眼科检查及弱视矫正治疗。
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包医一附院（内蒙古医科大学第二附属医院） ：三级甲等骨科专科医院，创伤骨科、显微外科等细分领域优势明显，可协助复杂眼外肌病治疗。
四、选择建议
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优先考虑综合医院 ：若需多学科协作或先进设备支持，内蒙古医科大学附属医院、通辽市医院更合适。
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专科医院针对性治疗 ：眼外肌病及弱视患者可优先考虑骨科或眼科专科医院，如包医一附院、新视界眼科医院。
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结合地理位置 ：通辽市医院、包头市中心医院等在本地服务更便捷，内蒙古医科大学附属医院适合外地转诊。
建议根据具体病情、医院距离及医保覆盖情况，结合专家排班和医院评估后选择就医机构。