顽固性便秘可能由多种疾病引发，如先天性肠道疾病、结肠梗阻、直肠肛管病变、神经或内分泌疾病、药物副作用及不良生活习惯等，明确病因是治疗关键。
消化系统病变是常见病因，例如先天性巨结肠直接影响肠道蠕动功能；结肠机械性梗阻，如肿瘤或术后粘连，会阻碍粪便通过；直肠肛管疾病如痔疮、直肠黏膜套叠则导致出口梗阻，引发排便困难。
非消化系统疾病也会间接导致便秘。神经系统疾病如帕金森病或脊髓损伤可能抑制肠道神经信号传导；内分泌紊乱如甲状腺功能减退或糖尿病会引起肠道蠕动减弱；精神疾病如抑郁症可扰乱自主神经系统，进一步加剧症状。
药物副作用是另一重要诱因。长期服用阿片类止痛药、抗抑郁药或钙通道阻滞剂可能干扰肠道正常收缩功能，形成药物依赖性便秘。
不良生活方式加剧肠道问题。膳食纤维摄入不足、长期久坐不动或缺乏运动，会减慢肠蠕动速度；滥用泻药或刻意抑制排便反射，会削弱直肠敏感性和排便肌群功能。
诊断需全面排查器质性病变。通过结肠镜、影像学检查或结肠传输试验排除肿瘤、肠套叠等问题后，才能确诊功能性便秘。若症状持续，应及时就医，针对原发病治疗，并结合饮食调整与运动干预，逐步改善肠道功能。