特病门诊门槛费的扣除方式因地区和医保政策而异，但核心逻辑均为“先自付起付线，超出门槛部分按比例报销”。 以重庆为例，一级医院特病门槛费160元、二级440元、三级880元，需从符合报销范围的费用中先行扣除，剩余部分按比例报销（如一级医院报销80%）；北京则统一按1300元/结算周期扣除，超出门槛部分享受住院报销待遇。关键点在于：门槛费仅扣一次/周期，且与普通门诊门槛费可能叠加计算。
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门槛费标准与医院等级挂钩
不同级别医疗机构设置差异化的起付线，通常三级医院最高（如重庆880元）、一级最低（160元），部分城市如北京采用固定金额（1300元）。起付线需全额自付，且每个结算周期（如360天或自然年度）仅扣除一次。 -
报销范围外的费用优先扣除
乙类药品需先自付10%后再纳入报销基数，特病门槛费从剩余可报销金额中扣除。例如，某患者乙类药费100元，自付10元后，剩余90元若超过门槛费，则按比例报销差额部分。 -
新老医保政策差异显著
部分地区（如重庆）新医保允许特病门槛费与普通门诊门槛费（在职200元/退休100元）叠加扣除，并通过二次报销降低实际自付比例。例如，特病报销后的自付部分可再进入普通门诊报销流程。 -
结算周期影响扣除频率
职工医保多按360天为周期（从首次备案日算起），居民医保则按自然年度重置。若周期内未达起付线，次年需重新累计。例如，北京职工首次使用特病门诊花费1000元，需再自付300元才能触发报销。
提示：具体扣除规则需咨询当地医保部门，保留缴费凭证以便核对。 政策可能随年度调整，建议定期关注官方通知。