合作医疗在三甲医院门诊检查可以报销，但有条件和限制。报销比例通常较低，一般在 20% 左右，且有费用限额，如每次就诊检查费及手术费限额 50 元，处方药费限额 200 元 。需在定点三甲医院就诊，跨市就医可能要提前备案，且报销比例可能降低。
具体而言，有以下几点需要注意：
- 普通门诊报销：普通门诊费用在三甲医院可报销，但比例相较于基层医疗机构低。不同地区政策有别，例如部分地区规定，在三甲医院门诊报销比例为 20% ，而乡镇卫生院可能达 60%-80% 。
- 慢性病门诊报销：若患有高血压、糖尿病等慢性病，在三甲医院门诊看慢性病，符合规定的费用能按一定比例报销。不过，各地对于慢性病的认定范围和报销比例也存在差异。
- 大型检查项目报销：像 CT、核磁共振这类大型检查项目，在符合条件时可纳入报销范围。但具体条件，如检查目的是否符合医保规定等，需依据当地政策。
- 报销范围和限额：门诊报销范围涵盖药费、辅助检查（如心脑电图、X 光透视、拍片、化验、理疗、针灸等）、手术费等。但会设置费用限额，比如每次就诊的检查和手术费用控制在 50 元以内，处方药费用控制在 100 - 200 元以内 。
- 报销条件：必须在当地新农合定点的三甲医院就诊才符合报销条件。若跨市就医，一般需要提前在参保地备案，否则可能影响报销，甚至无法报销，且跨市报销比例可能降低。
- 特殊情况限制：一些特殊的高端病房床位费、美容整形类手术等通常不在报销范围内。
合作医疗在三甲医院门诊检查有一定报销政策，但各地在报销比例、范围、限额及流程等方面存在差异。就诊前，建议向当地合作医疗管理部门或就诊医院咨询，了解详细报销政策与流程，以顺利享受报销待遇 。