当农村合作医疗参保人员在定点医疗机构产生的住院费用超过起付线时即可开始报销，具体数额根据各地政策有所不同，通常起付线设定在100元至1000元不等。

了解起付线的概念至关重要。起付线是指参保人在享受医疗保险报销前需自行承担的一笔固定金额。一旦个人支付的医疗费用超过了这个起付线，超出部分就可以按照规定的比例由农村合作医疗基金进行报销。例如，在某些地区，乡镇级医院的起付线可能低至100元，而市级或以上医院的起付线则可能高达1000元。

不同级别的医疗机构有着不同的报销比例和上限。一般来说，级别越高的医院，其报销比例相对较低，但同时起付线也会更高。比如，对于二级定点医疗机构，5000元以下的部分按50%的比例报销；而对于三级定点医疗机构，同样的金额只按35%的比例报销。这意味着，选择更高级别的医院治疗虽然可以获得更好的医疗服务，但也意味着更高的自付成本。

特殊病种的报销政策也值得关注。针对一些重大疾病如恶性肿瘤、尿毒症等，政府往往会提供更加优惠的报销条件，包括提高报销比例和取消或降低起付线。这些措施旨在减轻患有严重疾病的农民的经济负担，确保他们能够得到及时有效的治疗。

年度累计报销限额也是影响报销的重要因素之一。每个参合人员每年都有一个最高的报销额度限制，这通常与当地的经济发展水平和社会保障政策密切相关。在一些地方，这一限额可以达到数万元人民币，为患者提供了较为充分的保障。

值得注意的是，尽管大部分合理的医疗费用都可以通过农村合作医疗得到一定程度的补偿，但仍有一些项目不在报销范围内，如美容手术、非必要的健康检查等。在就医之前了解清楚哪些服务是可以报销的，可以帮助避免不必要的开支。

了解当地关于农村合作医疗的具体规定，特别是起付线、报销比例、特殊病种待遇以及年度最高限额等内容，对于合理规划医疗支出具有重要意义。通过合理利用保险政策，可以在遇到疾病时最大限度地减少个人的经济压力。