重庆社保基数12400元的情况下，扣税情况如下：
1. 社保缴费：
- 养老保险：个人缴费比例为8%，即12400元 × 8% = 992元。
- 医疗保险：个人缴费比例为2%，即12400元 × 2% = 248元。
- 失业保险：个人缴费比例为0.5%，即12400元 × 0.5% = 62元。
- 住房公积金：假设缴费比例为12%，即12400元 × 12% = 1488元。
- 工伤保险和生育保险：个人无需缴费。
社保总缴费金额：992元 + 248元 + 62元 + 1488元 = 2790元。
2. 应纳税所得额计算：
- 应纳税所得额 = 社保基数 - 社保总缴费 - 免征额（5000元）。
- 应纳税所得额 = 12400元 - 2790元 - 5000元 = 4610元。
3. 个人所得税计算：
- 根据中国现行的个人所得税税率表，4610元的应纳税所得额适用税率为10%，速算扣除数为210元。
- 个人所得税 = 应纳税所得额 × 税率 - 速算扣除数。
- 个人所得税 = 4610元 × 10% - 210元 = 251元。
4. 总扣税金额：
- 总扣税金额 = 社保总缴费 + 个人所得税。
- 总扣税金额 = 2790元 + 251元 = 3041元。
重庆社保基数为12400元时，个人需要缴纳的社保费用为2790元，个人所得税为251元，总扣税金额为3041元。
提示： 具体的社保缴费比例和住房公积金比例可能因地区和单位政策的不同而有所差异，建议您根据实际情况进行详细计算或咨询相关部门。