海南保亭社保基数为10000元时，个人所得税的扣缴金额将根据相关税率和扣除项进行计算，最终扣税金额约为290元。 以下是详细的计算过程和影响因素：

1. 1.社保缴费比例：在海南保亭，社保缴费基数通常为职工上年度月平均工资，缴费比例由个人和单位共同承担。假设社保缴费基数为10000元，个人缴费比例大约为10.5%，即每月需缴纳1050元社保费用。社保缴费包括养老保险、医疗保险、失业保险等，具体比例可能因地区政策有所不同。
2. 2.应纳税所得额计算：应纳税所得额=工资收入-五险一金-免征额。根据现行税法，每月5000元的免征额是固定的。应纳税所得额=10000-1050-5000=3950元。
3. 3.个人所得税税率：根据中国现行的七级超额累进税率，3950元的应纳税所得额适用于3%的税率。应缴个人所得税=应纳税所得额×税率=3950×3%=118.5元。
4. 4.其他扣除项：除了基本社保和个税扣除外，部分职工可能还享有专项附加扣除，如子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息、住房租金和赡养老人等。假设没有其他专项附加扣除，那么最终扣税金额约为118.5元。
5. 5.综合考虑：综合考虑社保缴费和个人所得税扣缴后，实际到手工资约为10000-1050-118.5=8831.5元。需要注意的是，具体的扣税金额可能会因个人情况的不同而有所变化，例如是否有专项附加扣除、是否有其他收入来源等。

海南保亭社保基数为10000元时，个人所得税的扣缴金额约为290元，但实际扣税金额可能会因个人情况的不同而有所变化。建议职工根据自身情况，详细了解相关政策，以确保准确计算应缴税费。