海南琼海社保基数13100元和5000元的主要区别体现在以下方面：
缴费金额
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养老保险：
- 基数13100元：每月个人缴纳13100×8%=1048元，企业缴纳13100×16%=2096元。
- 基数5000元：每月个人缴纳5000×8%=400元，企业缴纳5000×16%=800元。
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医疗保险：
- 基数13100元：每月个人缴纳13100×2%=262元，企业缴纳13100×8%=1048元。
- 基数5000元：每月个人缴纳5000×2%=100元，企业缴纳5000×8%=400元。
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失业保险：
- 基数13100元：每月个人缴纳13100×0.5%=65.5元，企业缴纳13100×0.5%=65.5元。
- 基数5000元：每月个人缴纳5000×0.5%=25元，企业缴纳5000×0.5%=25元。
养老金待遇
- 社保缴纳基数越高，个人账户储存额越多，退休后的养老金也相应越高。按照13100元基数缴纳与按照5000元基数缴纳相比，退休后的月养老金会高出不少。
医保报销上限
- 基数越高，医保报销上限也越高。这意味着在医疗费用较高的情况下，按照较高基数缴纳社保可以获得更多的报销。
个人所得税
- 社保基数越高，月工资越高，个人所得税缴纳也会相应减少。
总的来说，社保基数13100元相较于5000元，会导致个人和企业每月需要缴纳的社保费用增加，但退休后的养老金待遇、医保报销上限以及个人所得税方面也会相应提升。