海南三沙社保基数16300元和5000元的主要区别体现在个人和单位所需缴纳的社保费用、所能享受的社会保障待遇以及对未来养老金的影响。以下是具体的对比分析：
缴费金额差异
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养老保险：
- 基数为16300元时，个人每月需缴纳：16300 × 8% = 1304元；单位每月需缴纳：16300 × 16% = 2608元。
- 基数为5000元时，个人每月需缴纳：5000 × 8% = 400元；单位每月需缴纳：5000 × 16% = 800元。
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医疗保险：
- 基数为16300元时，个人每月需缴纳：16300 × 2% = 326元；单位每月需缴纳：16300 × 8% = 1304元。
- 基数为5000元时，个人每月需缴纳：5000 × 2% = 100元；单位每月需缴纳：5000 × 8% = 400元。
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失业保险：
- 基数为16300元时，个人每月需缴纳：16300 × 0.5% = 81.5元；单位每月需缴纳：16300 × 0.5% = 81.5元。
- 基数为5000元时，个人每月需缴纳：5000 × 0.5% = 25元；单位每月需缴纳：5000 × 0.5% = 25元。
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工伤保险：
- 基数为16300元时，单位每月需缴纳：16300 × 0.4% = 65.2元。
- 基数为5000元时，单位每月需缴纳：5000 × 0.4% = 20元。
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年缴费总计：
- 基数为16300元时，个人年缴费总计：(1304 + 326 + 81.5 + 65.2) × 12 ≈ 23779.2元；单位年缴费总计：(2608 + 1304 + 81.5 + 65.2) × 12 ≈ 50666.4元。
- 基数为5000元时，个人年缴费总计：(400 + 100 + 25 + 20) × 12 = 7200元；单位年缴费总计：(800 + 400 + 25 + 20) × 12 = 14400元。
社会保障待遇差异
- 养老保险待遇：缴费基数越高，个人账户累积储存额越多，退休后领取的养老金也越多。
- 医疗保险待遇：高基数划入职工医保个人账户的金额更多，影响职工待遇。
- 失业保险待遇：失业保险金标准与个人缴费基数挂钩，基数越高，领取的失业保险金也越高。
- 工伤保险待遇：计算工伤保险待遇时，个人工资是工伤职工因工作遭受事故伤害或者患职业病前12个月平均月缴费工资，基数越高，伤残补助待遇也越高。
- 生育保险待遇：生育津贴按照职工分娩时缴费工资基数乘以产假时间来计算，基数越高，领取的生育津贴也越高。
对未来养老金的影响
- 较高的社保基数将在退休后转化为更多的养老金收入。个人账户养老金也是依据个人账户累计储存额除以计发月数来确定，而储存额又取决于历年来的社保缴费情况，包括社保基数的高低。
选择较高的社保基数（如16300元）虽然会导致更高的缴费金额，但也能带来更优厚的社会保障福利和退休后更高的养老金领取额度。反之，选择较低的社保基数（如5000元）可以减轻当前的缴费压力，但相应的福利也会减少。个人应根据自身的经济状况和长远的养老规划来选择合适的社保基数。