海南三沙社保基数6900元和5000元的区别主要体现在个人和单位需要缴纳的社保费用上，具体如下：
缴费基数
- 6900元基数：如果选择80%的档次，即以6900元为基数，个人每月需要缴纳8%，即552元。
- 5000元基数：具体的缴费金额需要根据选择的缴费档次来计算。例如，如果选择最低档40%，则以5000元为基数，养老保险个人缴费部分为5000×40%=2000元。
缴费比例
- 养老保险：个人缴费比例为8%，单位缴费比例为16%。
- 医疗保险：个人缴费比例为2%，单位缴费比例为8%。
- 失业保险：单位和个人缴费比例均为0.5%。
- 工伤保险和生育保险：由单位全额承担。
缴费金额计算示例（以6900元基数为例）
- 养老保险：6900 × 8% = 552元/月（个人），6900 × 16% = 1104元/月（单位）
- 医疗保险：6900 × 2% = 138元/月（个人），6900 × 8% = 552元/月（单位）
- 失业保险：6900 × 0.5% = 34.5元/月（个人和单位）
- 总计：个人月缴费金额为552 + 138 + 34.5 = 724.5元，单位月缴费金额为1104 + 552 + 34.5 = 1691元。
请注意，以上信息仅供参考，具体缴费金额可能会因政策调整而有所变化。建议定期关注海南省人力资源和社会保障厅或三沙市社保局发布的最新公告，以获取最准确的缴费信息。