广东东莞社保基数5000元与5000元在缴费金额和保障范围上没有本质区别，但缴费主体和待遇享受方式有所不同。以下是具体分析：
一、缴费金额与比例
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单位缴费
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若以单位名义为职工缴纳社保，缴费基数为5000元时，单位需缴纳社保费16%（即800元）；
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若以个体灵活就业身份缴纳，费率20%，其中12%进入统筹，8%进入个人账户，总缴费1000元。
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个人缴费
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单位缴费时，个人需缴纳8%（即400元）；
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个体灵活就业时，个人同样缴纳8%（即400元）。
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二、缴费指数与待遇
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缴费指数 ：两种缴费方式下，个人账户注入金额均为400元，缴费指数均为5000元/上年度当地社会平均工资；
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待遇享受 ：职工和企业缴费5000元时，个人账户待遇与个体灵活就业者一致。
三、保障范围差异
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企业缴费
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包含养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险；
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养老保险需累计缴费满15年才能领取养老金，医疗保险可报销医疗费用，生育保险可报销生育相关费用，失业保险提供失业救济，工伤保险保障工伤医疗。
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个人缴费
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仅包含养老保险和医疗保险；
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不享受失业、工伤、生育保险待遇。
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四、其他说明
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若企业为职工缴纳社保，职工个人无需承担缴费责任；
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若以个体身份缴费（如自雇或灵活就业），需自行承担全部社保费用。
广东东莞社保基数5000元与5000元的主要区别在于缴费主体和保障范围，前者提供更全面的社保待遇，后者仅覆盖基本养老和医疗。选择哪种方式需根据就业性质和保障需求决定。