根据2024年最新个人所得税计算方法，结合深圳社保基数6400元的情况，具体扣税计算如下：
一、应纳税所得额计算
应纳税所得额 = 工资收入 - 起征点
应纳税所得额 = 6400元 - 5000元 = 1400元
二、适用税率与速算扣除数
根据2024年税率表，1400元属于 3%税率区间 ，对应的速算扣除数为 0元 。
三、应纳个人所得税计算
应纳个人所得税 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数
应纳个人所得税 = 1400元 × 3% - 0元 = 42元
四、实际到手金额
实际到手金额 = 工资收入 - 应纳个人所得税
实际到手金额 = 6400元 - 42元 = 6358元
补充说明
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社保扣除 ：若扣除五险一金后应纳税所得额仍为负数，则无需缴税。深圳社保基数为6400元时，五险一金个人缴纳部分通常约1380元，扣除后应纳税所得额约为520元（6400元 - 1380元 - 5000元起征点），仍适用3%税率，应纳税42元。
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年度汇算清缴 ：若全年综合所得（含工资、专项附加扣除等）未达6万元，无需补税；若超过6万元，需进行年度汇算清缴。
以上计算基于2024年政策，未来政策调整可能影响实际税负。