河南南阳社保缴费基数为12900元时，每个月需要扣除的社保费用如下：

养老保险

• 单位缴费：12900元 × 16% = 2064元
• 个人缴费：12900元 × 8% = 1032元

医疗保险

• 单位缴费：12900元 × 8% = 1032元
• 个人缴费：12900元 × 2% = 258元

失业保险

• 单位缴费：12900元 × 0.7% = 90.3元
• 个人缴费：12900元 × 0.3% = 38.7元

工伤保险

• 单位缴费：根据行业风险等级，费率在0.2%-1.9%之间，假设按0.5%计算，则单位缴费为12900元 × 0.5% = 64.5元
• 个人缴费：不缴费

生育保险

• 单位缴费：12900元 × 1% = 129元
• 个人缴费：不缴费

总计每月扣费：

• 单位总扣费：2064元（养老） + 1032元（医疗） + 90.3元（失业） + 64.5元（工伤） + 129元（生育） = 3380.3元
• 个人总扣费：1032元（养老） + 258元（医疗） + 38.7元（失业） = 1328.7元

请注意，以上计算仅供参考，实际扣费金额可能会因具体情况（如缴费比例调整、政策变化等）而有所不同。