安徽六安社保基数12400元和5000元的区别主要体现在缴费金额和社保待遇方面，具体如下：
缴费金额
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社保缴费基数12400元：
- 个人养老保险缴费金额约为992元（12400元 × 8%）。
- 个人医疗保险缴费金额约为248元（12400元 × 2%）。
- 个人失业保险缴费金额约为62元（12400元 × 0.5%）。
- 单位养老保险缴费金额约为2216.8元（12400元 × 16%）。
- 单位医疗保险缴费金额约为505.6元（12400元 × 9.5%）。
- 单位失业保险缴费金额约为62元（12400元 × 0.5%）。
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社保缴费基数5000元：
- 个人养老保险缴费金额约为400元（5000元 × 8%）。
- 个人医疗保险缴费金额约为100元（5000元 × 2%）。
- 个人失业保险缴费金额约为25元（5000元 × 0.5%）。
社保待遇
- 较高的社保缴费基数（如12400元）会导致每月需要缴纳的社保费用增加，但相应的，未来领取的养老金、医疗保险报销等社保待遇也会相应提高。
- 较低的社保缴费基数（如5000元）则每月缴纳的社保费用较少，未来享受的社保待遇也会相对较低。
以上信息仅供参考，具体缴费金额和社保待遇可能因个人所选择的缴费比例以及当地的具体政策有所不同。