根据浙江省相关政策，杭州社保基数为5300元时，个人所得税扣税金额需结合工资总额、专项扣除等因素计算。以下为详细说明：
1. 社保基数与个人所得税的关系
- 社保基数是计算社会保险缴费的基础，同时也会影响个人所得税的扣除金额。社保缴费包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，这些费用在计算个税前需从工资中扣除。
2. 专项扣除项目
- 在计算个税时，可扣除的项目包括基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社保费用，以及专项附加扣除（如子女教育、继续教育、住房贷款利息等）。
3. 个税计算公式
- 累计预扣预缴应纳税所得额 = 累计收入 - 累计免税收入 - 累计减除费用 - 累计专项扣除 - 累计专项附加扣除 - 累计依法确定的其他扣除
- 本期应预扣预缴税额 = （累计预扣预缴应纳税所得额 × 预扣率 - 速算扣除数） - 累计减免税额 - 累计已预扣预缴税额
4. 提示与建议
- 若需精确计算，可使用在线个税计算器，根据实际工资和专项扣除情况输入数据，即可得出扣税金额。
- 建议关注国家税务总局浙江省税务局及浙江省人力资源和社会保障网，了解最新的社保及个税政策变化。
通过以上信息，您可以根据自身情况计算具体扣税金额，并合理规划个税申报。