根据江苏省南通市社保政策，社保缴费基数5400元与5000元的主要区别体现在退休后的养老金计算上。以下是具体分析：
一、基础养老金计算差异
基础养老金的计算公式为： $$ \text{基础养老金} = \frac{\text{全省上年度职工月平均工资} + \text{本人指数化月平均缴费工资}}{2} \times \text{缴费年限} \times 1% $$
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缴费基数5400元 ：若按此基数缴费，本人指数化月平均缴费工资为 $5400 \times \frac{个人缴费指数}{全省平均工资}$（例如缴费指数0.8时，计算基数为 $5400 \times 0.8$）。
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缴费基数5000元 ：本人指数化月平均缴费工资为 $5000 \times \frac{个人缴费指数}{全省平均工资}$，计算结果低于5400元缴费基数的情况。
举例说明 ：若全省平均工资为6250元，60岁退休：
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5400元缴费基数 ：基础养老金 = $\frac{6250 + （5400 \times 0.8）}{2} \times 15 \times 1% = 844$元
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5000元缴费基数 ：基础养老金 = $\frac{6250 + （5000 \times 0.8）}{2} \times 15 \times 1% = 790$元
差额 ：5400元缴费基数比5000元多44元基础养老金。
二、个人账户养老金差异
个人账户养老金计算公式为： $$ \text{个人账户养老金} = \frac{\text{个人账户累计储存额}}{\text{计发月数}} $$
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缴费基数5400元 ：个人账户月缴存额为 $5400 \times 8%$，退休后按139个月计发。
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缴费基数5000元 ：个人账户月缴存额为 $5000 \times 8%$，退休后同样按139个月计发。
差额 ：每月个人账户养老金多36元（5400元基数对应468元 - 5000元基数对应400元）。
三、总养老金对比
以60岁退休为例：
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总养老金（5400元基数） ：$844 + 468 = 1312$元/月
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总养老金（5000元基数） ：$790 + 400 = 1190$元/月
差额 ：5400元缴费基数比5000元多122元/月。
四、其他注意事项
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缴费基数低于当地平均工资60%时，按60%计算；高于130%时，按130%计算；
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计发月数根据退休年龄确定（50岁195个月、55岁170个月、60岁139个月）；
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养老金实际发放可能受到政策调整、缴费年限等因素影响，建议咨询当地社保机构获取最新数据。
江苏南通社保基数5400元比5000元退休待遇更高，主要体现在基础养老金和个人账户养老金的差额上。