根据常州市2016年社保缴费基数政策，16800元和5000元是灵活就业人员可选的缴费基数档次，主要区别如下：
一、缴费基数档次定位
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16800元档
属于较高缴费档次，适用于收入水平较高的灵活就业人员。
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5000元档
属于较低缴费档次，适合收入相对稳定的人员。
二、缴费比例差异
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养老保险 ：
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16800元档：单位缴费比例0.14%，个人缴费比例0.8%；
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5000元档：单位缴费比例0.11%，个人缴费比例0.8%。
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医疗保险 ：
- 两档缴费比例相同，单位缴费比例0.9%，个人缴费比例2%。
三、养老金计发影响
缴费基数越高，退休后每月领取的养老金（基础养老金+个人账户养老金）金额越高。例如：
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按16800元缴费基数退休，个人账户养老金计算基数也较高；
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按5000元缴费基数退休，个人账户养老金计算基数较低。
四、选择建议
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收入较高者 ：选择16800元档，可提高养老金待遇；
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收入一般者 ：选择5000元档，降低缴费压力；
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长期规划 ：若预计退休后生活成本较高，可优先考虑16800元档。
五、注意事项
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若月收入低于当地最低工资标准（如常州市2016年为2000元），则按最低工资标准缴费；
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缴费基数调整后，职工可在规定档次内自主选择，但需每年重新确认。
以上信息综合了常州市2016年社保政策，具体执行中可能因地区或政策微调有所差异，建议咨询当地社保部门获取最新通知。