根据相关法律法规，如果医保公司未依法缴纳社保费用，但擅自从个人工资中扣除医保费用，属于违法行为。以下是处理此类问题的具体建议：
一、确认公司行为违法性
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社保缴纳义务
用人单位有义务为员工缴纳包括医保在内的社会保险费，未缴纳属于违法行为。
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工资扣除的合法性
若公司未缴社保却扣除个人费用，可能涉及以下情形：
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误操作或计算错误
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以补缴社保为名变相收费
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违法代扣其他费用
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二、维权途径
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与公司协商
首先尝试与用人单位沟通，要求其立即补缴社保费用，并赔偿因未缴社保导致的损失。
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向社保部门举报
若协商无果，可向当地社保行政部门举报，提供证据材料（如工资条、银行流水、社保缴费记录等），要求其介入处理。社保部门可责令公司限期补缴，并加收滞纳金（按日0.5‰）。
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申请劳动仲裁或诉讼
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劳动仲裁是解决劳动争议的优先途径，可要求公司补缴社保、赔偿损失（如医疗费用差额）。
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若对仲裁结果不满，可向人民法院提起诉讼。
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要求赔偿损失
因未缴社保导致的医疗费用（如自费部分）及利息，可一并要求公司赔偿。
三、注意事项
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保留证据 ：工资条、银行流水、社保缴费记录、医疗费用发票等材料对维权至关重要。
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时效性 ：社保投诉和仲裁一般有时效要求（如1年），需及时行动。
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医保账户影响 ：若公司长期未缴社保，可能影响个人医保待遇（如住院报销比例降低），需优先补缴。
建议优先通过社保部门或劳动仲裁解决争议，若涉及金额较大或复杂情况，可考虑法律诉讼。维权过程中可咨询专业律师获取针对性建议。