根据我国社会保险制度的相关法律规定和政策，公司缴纳的社保与城乡医保（新型农村合作医疗/城乡居民医疗保险）存在以下冲突情况：
一、参保资格冲突
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职工身份与户籍身份的双重参保问题
已经通过用人单位参加职工基本医疗保险（即社保中的医保）的劳动者， 无法同时参加新型农村合作医疗或城乡居民医疗保险 。根据《中华人民共和国社会保险法》第十条规定，职工应当参加职工医保，而新型农村医保属于城乡居民医保体系，两者属于不同参保渠道。
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灵活就业人员参保限制
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加基本养老保险的非全日制从业人员等灵活就业人员，只能选择参加职工基本养老保险和职工基本医疗保险，无法同时参加新型农村合作医疗。
二、报销政策冲突
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医疗费用报销渠道限制
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若同时参保职工医保和新型农村医保，在城市或城镇就医时， 只能选择其中一种保险进行报销 ，无法重复享受待遇。
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若在农村就医，则使用新型农村医保报销；若返回城市就医，则需通过职工医保报销。
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报销比例与待遇差异
城镇职工医保的报销比例和待遇通常高于新型农村医保（后者由政府补贴但个人缴费较少）。已参加职工医保的劳动者若放弃新型农村医保，可提高医疗保障水平。
三、缴费与待遇享受原则
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缴费主体与资金来源不同 ：职工医保由单位和个人共同缴费，资金来源于社会保险基金；新型农村医保完全由政府补贴，个人不缴费。
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待遇享受原则 ：参保人员应遵循“先参保、后享受”的原则，避免重复参保导致待遇损失。
四、处理建议
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评估需求后选择参保方式
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若在城镇稳定就业，建议参加职工医保；
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若长期在农村生活且经济条件有限，可保留新型农村医保。
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及时咨询社保部门
不同地区对社保政策存在差异，建议通过当地社保部门或法律咨询机构，确认具体操作流程和政策限制。
公司缴纳的社保与城乡医保在参保资格、报销政策等方面存在明确冲突，劳动者需根据自身实际情况选择合适的参保方式。