居民医保的管理涉及多个层级的部门协作，具体管理主体如下：
一、中央层面
国家医疗保障局（2018年组建）是城乡居民医保的主管部门，负责全国范围内的政策制定、统筹协调和监督管理。该机构整合了原人社部门的城镇职工医保、居民医保、生育保险，以及原卫计委的新农合等职能，形成统一的管理体系。
二、地方层面
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省级医保部门
各省（自治区、直辖市）医疗保障局（原人社部门）负责本行政区域内居民医保政策的制定、组织实施和监督管理。例如：
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广西由医保行政部门负责具体管理
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上海由市医疗保障局主管
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广东明确由人社部门管理
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县级及以下机构
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医保经办机构 ：县（市、区）医疗保障局下属的医疗保险事务中心或社保中心，负责参保登记、费用征缴、待遇结算等具体经办业务。
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协同部门 ：财政部门负责基金监管和财政补助资金管理，卫生部门参与医疗资源管理和政策制定。
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三、管理职责分工
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医保行政部门 ：制定政策、监督基金运行、处理参保登记等
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财政部门 ：保障基金收支、监督资金使用
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卫生部门 ：参与医保药品、诊疗项目目录的制定
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其他部门 ：如教育、民政、公安等，协同做好参保宣传、特殊群体保障等工作
四、历史调整说明
2013年国务院机构改革后，原卫计委的新农合逐步划归人社部门管理，目前全国大部分地区已实现制度整合，但部分地区仍存在卫生部门参与管理的现象。
居民医保的主管部门以国家医疗保障局为核心，地方分级负责具体执行，形成多层次管理机制。