内蒙古锡林郭勒盟社保基数5000元与5000元在数值上没有区别，但可能涉及以下不同点：
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缴费档次差异
社保缴费基数通常与当地职工平均工资挂钩，分为多个档次（如60%-300%共7-8档）。5000元可能对应第二档（80%档位），而另一个5000元可能对应第一档（60%档位）或第三档（100%档位），具体取决于当地职工平均工资水平。
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缴费比例差异
不同缴费档次对应不同的单位和个人缴费比例。例如：
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养老保险：第二档个人缴费8%，单位缴费20%
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医疗保险：第二档个人缴费2%，单位缴费10%
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失业保险：第二档个人缴费0.2%，单位缴费1%
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公积金：第二档个人缴费12%，单位缴费12%
若5000元对应第一档，则个人缴费比例可能降低至6%（养老保险）或8%（公积金）。
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缴费金额差异
由于缴费基数不同，每月实际缴纳的社保金额也会有所不同。例如：
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第二档：5000×（8%+2%+1%+12%）=800元/月
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第一档：5000×（6%+2%+1%+8%）=700元/月
5000元基数的社保总费用可能为700元或800元，具体取决于档次。
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建议 ：建议通过当地社保部门或官方渠道确认具体缴费档次及比例，以确保准确性。