关于合作医疗在市医院的报销流程和比例，综合权威信息整理如下：
一、报销流程
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市内定点医疗机构
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直接刷卡报销 ：患者持医保卡、身份证到定点医疗机构就诊，出院时直接在结算窗口刷卡完成报销，个人自付部分由医院垫付。
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材料提交 ：部分医院可能要求提供住院小结、费用明细清单等材料，具体以医院要求为准。
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市外二级及以上公立医院
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出院后3个月报销 ：需在出院后3个月内携带身份证、医疗费用原始发票、费用明细清单、出院小结等材料到参保地县级行政服务中心或新农合窗口办理报销。
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委托他人办理 ：需提供代办人身份证及复印件。
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二、报销比例
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市内定点医疗机构 ：一般可报销50%-80%，具体比例因地区政策而异。
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市外二级及以上医院 ：通常报销比例较低，约为30%-50%。
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一级及乡镇卫生院 ：起付线50元，补偿比例90%。
三、注意事项
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参保地政策差异 ：不同地区对报销比例、起付线等有具体规定，建议提前咨询当地社保局或村委会。
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意外伤害报销 ：部分地区的新型农村合作医疗需通过保险公司窗口审核，具体以参保地政策为准。
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缴费年限影响 ：缴费中断后需连续缴费满1年才能恢复报销资格。
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材料完整性 ：需妥善保管发票、出院小结等材料，避免影响报销。
四、特殊情况处理
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转诊备案 ：市外就医需提前办理转诊备案手续。
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特殊病种门诊 ：需提交病历、检查报告及审批表，按专项流程申请。
建议办理前通过当地医保部门官网或热线确认最新政策，以确保材料准备和流程合规。