合作医疗的报销流程和时效根据就医地点和类型有所不同，具体如下：
一、直接结算情况
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门诊报销
在参保人所在的乡镇级普通门诊定点医疗机构就医时，持医疗卡和身份证可直接刷卡报销。
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住院报销
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县内住院 ：出院时直接刷卡报销，需提供《合作医疗证》、身份证、户口簿、住院费用总清单等材料。
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县外住院 ：出院后3个月内，凭发票、出院小结、疾病证明书、住院费用总清单等材料到县区行政服务中心报销。
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二、出院后报销情况
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材料准备
需收集医药费用原始发票、住院费用汇总明细清单、诊断证明等材料。
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报销时效
一般需在出院后3个月内办理报销，超过3个月可能无法报销。
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报销流程
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线上办理 ：通过当地新农合窗口或医保系统提交材料。
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线下办理 ：携带材料到县区行政服务中心新农合窗口办理。
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三、注意事项
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异地就医 ：在市外二级及以上公立医院住院，需额外提供驾驶证、行车证（机动车致伤者）等材料。
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材料时效 ：出院后应及时复印并提交材料，避免因系统延迟影响报销。
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地区差异 ：具体报销比例和限额可能因地区政策不同存在差异，建议提前咨询当地医保部门。
四、法律依据
《中华人民共和国社会保险法》第二十八条规定，符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准的医疗费用，从基本医疗保险基金中支付。
合作医疗并非所有费用均可在出院时直接结算，部分需出院后按流程报销，具体以当地政策为准。