​​住院费用是否扣除医保取决于费用类型和报销政策：医保范围内的费用由统筹基金支付，个人仅需承担起付线、自付比例及目录外费用​​。具体分为以下情况：

1. ​​医保统筹支付部分​​
   住院费用中符合医保目录的项目（如药品、检查、床位费），系统自动扣除医保报销金额。例如总费用1万元，起付线800元后按85%报销，个人仅需支付2520元，其余由医保基金直接结算。

2. ​​个人自付部分​​
   包括起付线以下金额、乙类药自付比例（10%-30%）及封顶线以上费用。这部分优先从医保卡个人账户余额扣除，余额不足时需现金补足。例如4200元目录内费用报销3600元后，剩余600元需个人承担。

3. ​​个人自费部分​​
   目录外项目（如自费药、特需服务）需全额现金支付，不占用医保卡余额。若住院总费用含300元自费项目，则需单独缴纳。

4. ​​跨省就医与结算​​
   2025年全国80%地区支持跨省直接结算，备案后持医保卡即可按参保地比例报销，无需垫付全款。未备案则需先自费再回参保地申请手工报销。

​​提示​​：实际报销比例因医保类型（职工/居民）、医院等级及地区政策而异，建议住院前确认医院是否支持医保卡结算，并查询当地起付线与目录范围。