医保卡在药店购药时使用的资金来源及流程如下：
一、资金性质
医保卡内的钱分为统筹基金和个人账户两部分：
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统筹基金 ：由政府和个人共同缴纳，用于支付门诊、住院等大额医疗费用，个人无法直接使用；
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个人账户 ：记录参保人个人缴纳的医疗保险费及单位缴费的划入部分，用于支付门诊自费、药店购药自付等小额费用。
二、购药支付流程
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刷卡结算
在医保定点药店购药时，需将医保卡插入药店解码器，系统会自动关联个人账户信息。药店通过扫描药品二维码获取单价信息，系统按报销比例计算出个人自付金额和医保基金支付金额。
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费用扣除
药店直接从个人账户中扣除自付金额，医保基金部分由医保中心与药店结算。结算后，药店会提供结算单供参保人核对。
三、注意事项
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支付范围限制
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可用于购买药品、医疗器械、消毒用品等医保目录内的物品；
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保健品、美容整形等非医疗性质商品不在医保报销范围内。
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个人账户余额不足
若个人账户余额不足，需先自费支付差额，医保基金后续才会补账。
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特殊提取情况
个人账户资金一般不可直接提取，但可通过以下特殊情况办理：
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持卡人死亡后，由监护人或直系亲属申请提取剩余金额；
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跨区域转移医保时，可申请转移个人账户资金。
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四、报销流程（补充）
购药后，医保基金报销流程如下：
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药店完成自付金额扣除并生成结算单；
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参保人员持结算单到医保中心报销；
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医保中心审核通过后，将报销金额支付给药店，药店再与医保中心结算。
医保卡购药时直接扣除的是个人账户内的资金，医保基金仅在合规范围内进行二次结算。