北京医保年度支付限额超过2万元的部分，将由大额医疗费用互助资金支付。
根据北京市医疗保障局的规定，北京医保参保人员在定点医疗机构发生的符合本市基本医疗保险支付范围的费用，累计超过2万元（不含）以上的部分，将由大额医疗费用互助资金支付。具体处理方式如下：
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起付标准：大额医疗费用互助资金的起付标准为2万元，即只有当医保支付金额超过2万元时，大额医疗费用互助资金才开始支付。
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支付比例：超过2万元的部分，大额医疗费用互助资金将按照一定的比例进行支付。具体支付比例根据不同的医疗费用档次和医院级别而有所不同。
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年度支付限额：大额医疗费用互助资金也有年度支付限额，具体限额根据参保人员的年龄和医疗费用档次而有所不同。
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报销流程：当医保支付金额超过2万元时，参保人员需要按照规定的流程进行报销。具体流程包括提交报销申请、提供相关材料等。
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定点医疗机构：参保人员需要在定点医疗机构就诊，才能享受大额医疗费用互助资金的支付。非定点医疗机构的医疗费用将不纳入大额医疗费用互助资金的支付范围。
通过以上方式，北京医保参保人员在医疗费用超过2万元时，可以通过大额医疗费用互助资金获得进一步的保障，减轻个人的医疗费用负担。如果您有具体的医疗费用问题，建议您咨询当地的医疗保障部门或专业人士，以获取更准确的信息和指导。