医保局对账的核心流程是通过线上系统完成医药机构与医保部门的数据核对、审核确认及资金结算，关键环节包括月度对账开放期、智能审核、异常预警及线上拨付。目前全国多地已实现线上对账，将传统5个工作日的流程压缩至1天，显著提升效率。
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对账准备与数据生成：医保经办机构每月初通过监管平台生成上月结算对账报表，医药机构需在规定时间内（如每月8日前）登录系统核对数据。若数据一致则确认，不一致则退回企业处理，逾期未操作视为默认同意。例如，淄博市要求医疗机构5日内完成异议反馈，医药企业10日前完成最终确认。
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智能审核与人工复核：系统自动比对医药机构上传的HIS系统数据与医保中心记录，植入智能审核功能捕捉差异。青海省通过实时预警机制标记异常数据，无缝衔接人工复核，确保对账准确性。对账完成后，系统自动生成结算明细单和支付单，推送至医保核心业务系统。
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资金结算与拨付：医保经办机构根据确认的结算单，每月中旬（如15日前）完成审批，通过医保基金支出户拨付资金。资金核算分为“暂付款”和“暂收款”科目，分别对应医疗机构应收额度和企业货款。例如，湖南省要求跨省异地就医费用需在3日内上传明细，5个工作日内完成审核拨付。
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全流程闭环管理：从对账到拨付形成完整链条，包括事前数据校验、事中智能审核、事后财务对账。青海省通过制定32项规章和46条问题清单，强化对账监管；安徽省则要求经办机构每日核对银行账户，确保账实相符。
建议医药机构定期参加医保局组织的系统操作培训，及时响应对账通知，避免因逾期或数据错误影响资金拨付。线上对账已成为主流趋势，掌握规则可大幅降低沟通成本。