农村合作医疗大病报销程序可分为线上和线下两种方式，具体如下：
一、线上报销流程（部分地区适用）
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申请与材料提交
通过当地医保部门官方平台或手机APP提交出院小结、发票、用药明细表等材料。
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审核与结算
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县级或乡镇定点医疗机构完成初审并核算补偿金额，生成《新型农村合作医疗住院补偿表》。
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完成线上审核后，系统自动计算报销金额并生成支付凭证。
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二、线下报销流程（传统方式）
（一）门诊报销
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直接刷卡
在区内乡镇级定点医疗机构就医时，持医保卡直接刷卡结算。
（二）住院报销
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准备材料
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住院期间需提供出院小结、发票、用药明细表、身份证、医保卡等。
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若为单位参保人员，需额外提供单位出具的就医证明。
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提交申请
将材料提交至户籍所在地村（社区）合作医疗联络员或乡镇医保窗口。
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审核流程
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村级审核 ：村（社区）联络员初步审核材料真实性及家庭收入情况。
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乡镇复核 ：乡镇卫生院合作医疗窗口进行二次审核，核算补偿金额并签署初审意见。
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县级审批 ：县级医保部门对乡镇审核材料进行最终审批，符合条件的发放《城乡困难居民大病医疗救助证》。
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费用兑付
完成所有审核后，县级医保部门将报销款项支付给申请人。
三、注意事项
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报销比例与封顶线
依据当地政策，大病报销比例通常为50%-70%，具体比例因地区而异，且设有年度封顶线。
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异地就医报销
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在外地就医可持新型农村合作医疗证直接在医院报账，简化流程。
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异地就医需提前备案，部分地区需通过全国异地就医结算平台申请。
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材料真实性
所有提交材料需与就医凭证一致，虚假材料可能导致报销失败或追责。
建议参保人员根据所在地区政策选择合适的报销方式，并提前咨询当地医保部门了解具体细则。