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根据我国社会保障体系的规定和政策，职工社保与农村医保（新农合）是两种不同的医疗保障制度，存在以下核心差异：
一、参保对象与覆盖范围
- 职工社保
适用于城镇职工及灵活就业人员，由用人单位和职工共同缴纳，属于强制参保制度。
- 覆盖养老、医疗、失业、工伤、生育五大险种。
- 农村医保（新农合）
专为农村居民设计，与户籍或土地承包关系挂钩，非强制参保。
- 主要保障大病医疗，属于基本医疗保障的补充。
二、保障内容与待遇
- 职工医保
报销范围更广，包括门诊、住院、重大疾病等，且报销比例通常高于新农合。
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个人账户用于支付门诊小额费用，统筹基金支付大额医疗费用。
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新农合
主要针对重大疾病提供较高比例报销，但整体保障水平低于职工医保。
三、缴费标准与待遇享受
- 职工社保
由单位和个人按比例缴纳，缴费基数与工资挂钩，待遇与缴费年限相关。
- 新农合
由个人和集体（如村集体）按比例缴纳，待遇享受与缴费金额和年限相关。
四、重复参保问题
我国法律明确规定，职工医保与新型农村合作医疗属于 不可重复参保 ，即同一人不能同时享受两种医保待遇。若重复参保，需主动申请终止其中一种。
五、特殊情况说明
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职工医保个人账户余额 ：可用于支付参保人员本人及其配偶、未成年子女的门诊费用，但不可用于支付新农合待遇。
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代缴新农合 ：职工医保个人账户有结余时，可帮助未参保的亲属代缴新农合费用。
总结 ：在职职工若已参加职工社保（含医疗保险），无需再缴纳农村医保。若户籍仍为农村且未参加职工医保，则需根据实际情况选择是否参保新农合。建议根据自身身份和需求，咨询当地社保部门确认具体参保政策。