新农合作医疗卡里的余额不会清零，具体说明如下：
一、账户结构与资金性质
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门诊统筹账户
新农合现行的门诊统筹账户采用“政府补贴+个人缴费”模式，资金按年度统筹使用，仅限当年有效。若未缴费则无法享受下一年度待遇，但账户余额不会清零。
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家庭账户（个人缴费部分）
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不设个人账户 ：自2020年1月1日起，新农合全面实行门诊统筹，原家庭账户不再分配资金，个人缴费部分直接进入统筹账户。
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余额处理 ：若个人缴费后未使用完，余额可结转至下一年度继续使用，不会因年度结束而清零。
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二、年度缴费与待遇享受
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缴费与待遇关联 ：每年需按时缴费才能享受当年医保待遇，次年1月1日自动续保。
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断缴影响 ：若连续两年未缴费，第三年将无法享受医保待遇，但账户余额（含历年结余）不会被清零。
三、异地缴费与账户管理
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异地缴费 ：可通过支付宝、微信等平台跨地区完成缴费，缴费后待遇即生效。
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账户查询 ：可通过医保查询功能实时查看账户状态及剩余金额。
四、其他注意事项
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政策统一性 ：不同地区可能存在细微差异，建议通过当地医保部门或官方渠道确认具体政策。
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历史账户余额 ：若存在未使用的历年个人缴费结余，可继续用于门诊自费或药店购药。
新农合作医疗卡内资金不会因年度结束而清零，但需注意缴费时效和账户类型差异，以确保持续享受医保待遇。